肉类食品安全风险从育种阶段开始，在这个环节有两个问题需要注意，一个是育种过程中的疾病，另一个是控制饲料添加剂和兽药残留。疾病控制对育种的规模和环境提出了很高的要求。大规模育种无疑会带来高风险。一旦疫情发生，就意味着企业经济损失巨大，小规模育种无疑会带来高投资成本。在中国，肉类食品主要关注猪肉。中国是猪肉消费大国。
目前，我国生猪养殖主要以自由放养为主，大规模养殖仅占全国生猪养殖量的20%左右。这种情况给养殖管理带来了困难。非法使用添加剂和滥用兽药在养殖过程中不易控制。因此，国家加强了养殖环节的管理，通过建立养殖、加工、流通、消费的食品全过程监管链，建立健全产品质量和食品安全的追溯体系和责任追究体系。
猪进入屠宰场屠宰、屠宰托盘、猪钩等设施识别器，将屠宰时间、检疫、计划猪肉数量、是否有旋毛虫细菌检疫和上市号码（重新设置号码、工厂、销售号码一致）自动输入系统。屠宰场屠宰检疫后，每头待宰猪都会有不可重复的上市编号。超市等销售终端在销售猪肉时，将猪的上市编号打印在销售凭证上。
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