功能性消化不良可以拆开为功能相关性、消化不良两个方面。消化不良是指症状，而不是指疾病，包括上腹痛，上腹胀，早饱，嗳气，食欲不振，恶心，呕吐等不适症状，持续或反复发作，病程超过一个月或在过去的十二个月中累计超过十二周。
功能相关性强调患者经相关理化检查无阳性发现，如内镜检查正常或排除了慢性胃炎活动期（如出血，糜烂）以及溃疡、肿瘤等器质性病变，B超检查或X线检查排除了肝、胆、胰等脏器的器质性病变，血生化检查结果正常等。功能性消化不良常因精神因素而诱发，精神紧张或抑郁状态下，胃的运动与分泌减弱，甚至可能停止。在抑郁，情绪低落时，肠蠕动呈抑制状态，焦虑或抑郁的心理状态可引起体内某些激素分泌的改变和自主神经功能改变从而导致发病。功能性消化不良常需与以下疾病鉴别。
1、慢性胃炎慢性胃炎的症状与体征均很难与功能性消化不良鉴别，如果胃镜检查发现胃黏膜明显充血、糜烂或出血，甚至萎缩性改变，则常提示慢性胃炎。2、消化性溃疡消化性溃疡的周期性和节律性疼痛也可见于功能性消化不良患者，X线钡餐发现龛影和胃镜检查观察到溃疡病灶可明确消化性溃疡的诊断。3、慢性胆囊炎慢性胆囊炎多与胆结石并存，也可出现上腹饱胀、恶心、嗳气等消化不良症状，腹部B超、胆囊造影、CT等影像学检查多能发现胆囊结石和胆囊炎征象，可与功能性消化不良鉴别。
4、胃癌早期胃癌常无特异的症状，只有胃镜和病理检查才能发现，但随着肿瘤的不断增长，影响到胃的功能时会出现消化不良的类似症状，在临床上主要表现为上腹部疼痛或不适感，食欲减退，恶心，呕吐等。但胃癌的发病年龄多在40岁以上，会同时伴有消瘦，乏力，贫血等提示恶性肿瘤的所谓“报警”症状，通过胃镜检查及活组织病理检查不难确诊。5、其他功能性消化不良还需与其他一些继发性胃运动障碍疾病，如糖尿病胃轻瘫、胃肠神经肌肉病变等相鉴别，通过这些疾病特征性的临床表现与体征一般可较容易地做出鉴别。
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