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多组学分析助力精准治疗 有望攻克三阴性乳腺癌临床治疗难题

时间:2022-09-16 06:02:08

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多组学分析助力精准治疗 有望攻克三阴性乳腺癌临床治疗难题

三阴性乳腺癌(TNBC),因雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)和人表皮生长因子受体2(HER-2)均为阴性表达而得名,占乳腺癌的10%-20%。目前三阴性乳腺癌几乎无靶向疗法可用,患者只能依靠手术和化疗进行治疗,治疗效果不佳并且复发转移的风险较高,因此一直被认为是“最毒”的乳腺癌。

近日,复旦大学附属肿瘤医院邵志敏教授团队在Cell Research 杂志发表了题为:Molecular subtyping and genomic profiling expand precision medicine in refractory metastatic triple-negative breast cancer: the FUTURE trial 的论文。该研究通过分析晚期难治性三阴性乳腺癌的“基因图谱”和其中500多个基因热点的检测数据,首次开发了三阴性乳腺癌的“精准治疗方案”,疾病客观缓解率提升了两倍(10%提升至29%),其中部分亚型三阴性乳腺癌患者100%获得缓解,这一成果引起国内外广泛关注。

全球最大的三阴性乳腺癌多组学图谱

邵志敏教授团队一直致力于三阴性乳腺癌的精准治疗研究,并且用5年时间对465名中国TNBC患者进行了多组学分析,绘制出全球最大的三阴性乳腺癌队列多组学图谱,并在3月发表于Cancer Cell。

该研究表明三阴性乳腺癌不是传统认识中的单一类型,其不同亚型之间可能存在生存差异,对基因序列进行研究或将破解三阴性乳癌“无靶点”的难题。研究团队根据不同基因特征,首次提出“复旦分型”标准,通过4个临床常用免疫组化标志物(雄激素受体、CD8、FOXC1、DCLK1),将三阴性乳腺癌分为4个不同的亚型:免疫调节型(IM)、腔面雄激素受体型(LAR)、基底样免疫抑制型(BLIS)、间质型(MES),这是国际上首次基于多组学分析系统提出的三阴性乳腺癌分类,为寻找到三阴性乳腺癌的治疗靶点指明了新的方向。

通过对三阴性乳腺癌的不同亚型进一步分析,发现了不同亚型独特的基因位点,并且不同亚型的癌细胞表现出的特性有较大差异,以IM型三阴性乳腺癌为例,相较于其他亚型,此类乳腺癌细胞周围有大量淋巴细胞,意味着此类亚型可能对免疫治疗敏感;而在LAR型乳腺癌细胞则有明显的HER-2基因突变,则可能适用针对性的靶向治疗。因此通过精准的医学基因检测,可以为每一位患者进行精确的分型并鉴定药物靶点,有助于在临床中实现精准治疗。

难治性三阴性乳腺癌的“FUTURE”研究

而在最新发表的这项研究中,该研究团队开展了一项名为“FUTURE”的“伞形”研究,针对经过多轮治疗后仍然发生进展的难治性三阴性乳腺癌,进行分型及基因检测,指导后续精准治疗。在10月18日至3月25日之间,招募了69名患者,中位随访时间为9.2个月。对这些患者进行分型,并对500多个热点基因进行检测,精准锁定不同分型患者癌细胞的特征。通过NGS测序结果发现,难治性TNBC中最常见的突变基因包括TP53(72%), PIK3CA(18%), PTEN(10%), KMT2D(9%)和TSC2(9%)。在一些罕见的突变基因中观察到较高的突变频率,例如PTPRD,TSC2,PLCG1,ARID1B,CREBBP和FAM47C。

FUTURE试验中患者的基因组谱

此外,研究还通过临床和基因组分析,探讨了难治性TNBC反应的潜在反应预测因子。通过比较PR与非PR患者在ARM C(IM亚型免疫治疗)中的基因组差异发现,6例非PR(部分缓解)患者中有2例出现TOP2A突变,而PR患者未发现突变。一个突变出现在DNA拓扑异构酶2蛋白(PTZ00108)的结构域,另一个突变出现在TOP2A蛋白两个结构域之间的连接部位。并且研究团队还比较了ARM C中PD(疾病进展)患者和非PD患者的CD8 IHC评分,非PD患者的中位CD8评分为30,PD患者为22.5(P=0.25)。因此,研究推测TOP2A突变和CD8 IHC评分可能是免疫治疗反应的潜在预测因子。TOP2A突变可能导致功能域间连接肽的改变并影响TOP2A功能域的DNA连接。此外,CD8 IHC染色可能是一种鉴定IM亚型TNBC患者的实用可行的方法。

a.PR和非PR患者的TOP2A突变

b.TOP2A突变与肿瘤缓解率的关联

c.非PR患者中与TOP2A突变相关的氨基酸位点的变化

随后,研究团队根据患者的精准分型予以相应的靶向治疗,其中约29%的患者治疗后肿瘤明显缩小,并且有52.6%的IM分型TNBC患者病情得到良好控制。此外,研究团队还发现LAR型的TNBC患者中虽然HER-2检测表现为阴性,但存在HER-2基因突变,通过对这部分患者进行抗HER-2靶向治疗,结果发现,患者的肿瘤缩小比例高达100%。这一研究为后续三阴性乳腺癌的药物研发、临床试验提供数据和证据支持,有望为三阴性乳腺癌患者带来巨大的临床获益。

精准治疗的不断发展,为临床带来越来越多的研究成果,相信在精准检测的多组学全面整合分析下,针对疾病特征制定的精准治疗方案,将会为难治性肿瘤患者带来更多的临床获益。

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