RNA表观转录修饰：
m6A：m6A是真核生物mRNA上含量最丰富的化学修饰，由甲基转移酶复合物（包含METTL3，METTL14，WTAP，KIAA1429，RBM15，RBM15B）催化产生，可被去甲基化酶ALKBH5或FTO去除。m1A：m1A是新近发现的可逆的表观转录修饰，能被RNA修复酶ALKBH3去除，目前尚未发现明确的m1A修饰酶与修饰识别蛋白。与m6A不同，m1A的表达丰度较低，主要分布在mRNA的5’UTR区，可能参与调节翻译起始过程。m1A能完全阻止Watson-Crick配对，引起RNA双链解旋，并促进RNA-蛋白的静电相互作用或RNA可变二级结构的形成。m1A的生物学功能仍属未知。m5C与hm5C：m5C广泛分布于tRNA与rRNA上，具有稳定tRNA二级结构、影响反密码子环构象、维持rRNA翻译保真等功能。新近的RNA测序结果发现，mRNA的编码区与非编码区上存在8000多个m5C位点，而且相当一部分位点集中在5’UTR与3’UTR区。m5C可由甲基转移酶NSUN2或TRDMT1催化形成，被双加氧酶TET氧化形成hm5C。Pseudouridine (ψ)：假尿嘧啶核苷ψ，常被成为第五类核苷酸，由尿嘧啶核苷（U）异构化形成。在人的细胞和小鼠组织的mRNA中，ψ/U的比率约为0.2-0.6%。尿嘧啶与假尿嘧啶的异构化反应由PUS酶单独，或与H/ACA核糖核蛋白一起，催化完成。假尿嘧啶能减少RNA构象的可变性，增强碱基配对稳定性以及与蛋白之间的的极性相互作用。Inosine (I)：肌苷修饰，常称为A-to-I编辑，是高等真核生物里最常见的一种RNA编辑方式，由腺苷酸脱氨酶ADAR完成。A-to-I编辑主要发生在非编码区或内含子区的Alu元素内。A-to-I编辑完全改变了碱基配对特性，AU配对转变为IC配对，从而改变所编码的氨基酸。ac4C：示mRNA上存在大量ac4C修饰，并且ac4C影响mRNA的稳定性与翻译效率。TGM修饰：5’端超甲基化的TMG修饰是最早被发现的修饰之一。在许多被RNA聚合酶II转录的RNA中，尤其是非编码RNA，例如剪接体的重要组成成分snRNA，5’端的m7G甲基帽子会被超甲基化，形成具有三个甲基的N2, N2, 7-三甲基鸟苷（TMG）帽子，广泛存在于真核生物中。
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