糖尿病康复,内容丰富有趣,生活中的好帮手!
糖尿病康复 > python lncrna_使用CNCI分析lncRNA

python lncrna_使用CNCI分析lncRNA

时间:2019-02-27 08:28:33

相关推荐

python lncrna_使用CNCI分析lncRNA

CNCI是中科院计算所赵屹团队开发的一款从转录组中分析编码RNA和非编码RNA的软件。赵屹团队在非编码RNA领域做了很多出色的工作,建立了目前最权威的非编码RNA数据库NONCODE。

文章发表在Nucleic Acids Research:/content/early//08/06/nar.gkt646.long

Github主页:/www-bioinfo-org/CNCI

CNCI的安装:

CNCI使用了SVM(支持向量机)分类,其安装过程主要是编译libsvm。

tar zxvf CNCI_version2.tar.gz

cd CNCI_package

unzip libsvm-3.0.zip

cd libsvm-3.0

make

cd ..

CNCI的运行:

基本命令为:python CNCI_package/CNCI.py -f novel.fasta -o CNCI_out -m ve -p 4

参数说明:

-f 输入fasta文件(可以使用-g参数输入GTF文件,但是同时需要使用-d参数指定参考基因组的目录)

-o 输出结果目录

-m 指定模式,脊椎动物选择ve,植物选择pl

-p 指定CPU核数

更多用法参看帮助文档

小提示:

CNCI的运行目录一定要在CNCI_package所在目录,不要到CNCI_package目录下运行CNCI,否则会报错。

fasta文件中的注释,也就是”>”开头的那一行,不要有空格,可能也会报错。如果有空格,考虑将空格替换为下划线。

软件有点小瑕疵吧……

如果觉得《python lncrna_使用CNCI分析lncRNA》对你有帮助,请点赞、收藏,并留下你的观点哦!

本内容不代表本网观点和政治立场,如有侵犯你的权益请联系我们处理。
网友评论
网友评论仅供其表达个人看法,并不表明网站立场。