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duqiang_1分析GEO数据库差异基因(GSE150910) 将差异基因与泛素化酶相关基因取交集

时间:2024-06-25 09:55:28

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duqiang_1分析GEO数据库差异基因(GSE150910) 将差异基因与泛素化酶相关基因取交集

#数据集概览

1首先geo发现 里面并没有meta信息

2 并且使用r下载之后,矩阵里面也没有meta信息。

3但是下载文章阅读之后 发现差异分析deseg2的时候 是需要meta信息 消除批次 年龄 实验方法这些因素影响的。

4但是作者说method实验方法对差异分析结果有影响

5 那么接下来,就去更原始的地方(Accession PRJNA634074; GEO: GSE150910)去找下meta信息,如果找不到,就不好办了

getwd()setwd("G:/r/duqiang_IPF/GSE150910_IPF_Donors_subsets/")

打开下载的矩阵csv文件,可见:

duqiang_1分析GEO数据库差异基因(GSE150910) 将差异基因与泛素化酶相关基因取交集。 这个差异分析ipf chp control

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