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fMRI独立成分分析方法(ICA)工具GIFT

时间:2023-09-14 19:37:36

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fMRI独立成分分析方法(ICA)工具GIFT

软件下载连接:

Software - TReNDS ()/software/下载完成后,在MATLAB中添加其路径即可。

在MATLAB命令行输入gift。打开窗口页面:

1、点击setup ICA Analysis

新建一个gica文件夹,存储ICA分析的结果,并在该窗口选择gica文件夹。点击OK

出现如下界面:

Enter Name of Output Files:是输出文件的前缀,这里填的g

第二项是选择fMRI文件,点击select

询问我们所有文件是否放在了一个文件夹下,因为三个被试的数据在三个文件夹下,所以这里选择NO,接下来让我们选择,Subject的数目,和每个subject数据中session的数目,

这里根据自己数据而定,比如我在这里选择3个subject,每个subject有1个session,点击OK

如下所示,会让我们选择三个被试的数据,点击Subject1Session1

如下所示,进入Subject1的文件夹。会帮我们自动整理好不同文件前缀名的文件,在这里我们选择经过spm预处理,smooth过的文件,即以s开头的文件【1:240】swaf001-003-00*-01.nii,前面的[1:240]表示有240个全脑数据

点击OK,完成数据选择。同理选择其他两个被试的数据。要更改数据的话,选中Subject数据,点击change重新选择数据。

选择完成后,点击OK

之后,Have you selected the Fmri data,会变成YES

,如下图所示:

第三项,是会帮你估计component的数目,从1到几十,很费时间。一般选择第四项,Numberof IC默认20即可。第五项为进行ICA分析的方法,可以根据读到的论文方法进行选择,一般默认即可。

参数选择完成之后,点击Done

点击OK

会在选定文件夹,生成以g开头的文件。

2.runanalysis

点击RunAnalysis,选择g_ica_parameter_info.mat文件

点击OK

选择Maximize Performense,点击Done。需要稍等一会。会出现下图视窗:

Viewing set是生成的图像文件,每个被试都会有一个图像(g_sub001_component_ica_s1),所有被试会有一个平均图像(g_mean_component_ica_s_all),每个图像文件包含20个component的全脑图像

Component No:表示你要看哪个component

sort components:一般是taskfMRI要用,根据实验设计,对network的相关性进行排序

Component:表示所有被试查看所有的component,一般选择第一个文件,g_mean_component_ica_s_all,点击display

Subject:不能选择view set,可以选择要查看的component

这里选择的是component9

为了美观,可以通过load anatomical载入结构像

这里选择ch2bet.nii图像点击OK

接下来。选择 Orthogonal ,->选择第一个被试的分析结果g_sub001_component_ica_s1

查看第9个component,点击display

如下图所示:非常漂亮。

GIFT进行ICA分析的主要功能就是这些了。

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