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ANTs安装
ANTs这类科研软件一般按官方指导的方法安装即可。真正困扰大家是安装中遇到的“意外”。
官方指导:
/ANTsX/ANTs/wiki/Compiling-ANTs-on-Linux-and-Mac-OS
中文参考:
/zuzhiang/article/details/104930000
/p/117609588
安装git
非必须,但如果按照ANTs官方给出安装方法是要用到的。而且这个也没什么难点,在终端输入下面命令即可。
sudo apt-get install git
下载、安装cmake
Cmake的安装就有的说法了。如果像上面那样用apt-get进行下载安装,那你很可能安装到较老版本的cmake。因此建议下载指定版本后,安装使用。
可以去cmake官方手动下载。
/files/
也可以wget下载。
wget /files/v3.16/cmake-3.16.0-Linux-x86_64.sh
这里使用的3.16版本经验证,适配目前的ANTs版本。
下载后在终端执行命令:
sh cmake-3.16.0-Linux-x86_64.sh
安装cmake完成后,通过下面命令安装ccmake。
sudo apt-get install cmake-curses-gui
如果出现OpenSLL的问题,进行如下安装。
sudo apt-get install libssl-dev
接下来就可以正式安装ANTs了。建议大家根据官方介绍的方法安装。我个人安装过程中,一开始参照了中文社区不同人介绍安装方法,均出现各种各样的问题。
打开终端,下载ANTs。
git clone git:///ANTsX/ANTs.git
创建ANTs安装文件夹。
mkdir antsbin
终端工作路径调整到antsbin文件夹。
cd antsbin
cmake构建配置。
ccmake ../ANTs
在交互界面中点击“c”。在下一页面中将“SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL”,“RUN_LONG_TESTS” 和 “RUN_SHORT_TESTS”改为OFF(选择到相应条目后按回车),再按“c”,再按“g”。
编译。
make 2>&1 | tee build.log
耗时可能较长,没报错即成功。
接下来官方建议方法是使用命令复制二进制文件。
cd ANTS-buildmake install 2>&1 | tee install.log
我手动复制也没有问题。
复制方式和文件:
在antsbin文件夹内新建“bin”文件夹。
将antsbin/ANTS-build/Examples内文件复制到上面新建的bin文件夹内。
将antsbin/staging/bin/内文件复制到上面新建的bin文件夹内。
将ANTs/Scripts内文件复制到上面新建的bin文件夹内。
最后设置环境变量。
打开Home下.bashrc文件(隐藏文件,按ctrl+h显示),将下面代码添加到文件最后。
export ANTSPATH=/home/maitian/antsbin/binexport PATH=${ANTSPATH}:$PATH
保存后关闭文件。
在根目录打开终端输入下面代码,激活新的环境配置。
source ~/.bashrc
在终端输入
which antsRegistration
如输出antsRegistration所在路径则安装配置成功。
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