一、大部分的基因都有beta-action基因和GAPDH基因，很多Affymetrix芯片都将它们设为一组观察RNA降解程度的内参基因。mRNA是按照5’至3’的顺序来降解的，通过比较它们3’相对于中间或者3’相对于5’的信号强度，可以很好地指示出试验质量。
二、beta-action基因对应的探针组：
AFFX-HSAC07/X00351_3_at
AFFX-HSAC07/X00351_5_at
AFFX-HSAC07/X00351_M_at
GAPDH基因对应的探针组：
AFFX-HUMGAPDH/M33197_3_at
AFFX-HUMGAPDH/M33197_5_at
AFFX-HUMGAPDH/M33197_M_at
三、以样品GSM362947_LTT.CEL和GSM362948_LTT.CEL为例：
library(yaqcaffy)
rawData<-ReadAffy("GSM362947_LTT.CEL","GSM362948_LTT.CEL")
qcResult<-qc(rawData)
>qcProbes(qcResult)
AFFX-HSAC07/X00351_3_atAFFX-HSAC07/X00351_5_at
GSM362947_LTT.CEL11.7185110.79642
GSM362948_LTT.CEL11.7823410.14348
AFFX-HSAC07/X00351_M_atAFFX-HUMGAPDH/M33197_3_at
GSM362947_LTT.CEL11.1506811.58672
GSM362948_LTT.CEL10.9107011.74464
AFFX-HUMGAPDH/M33197_5_atAFFX-HUMGAPDH/M33197_M_at
GSM362947_LTT.CEL11.2736011.32698
GSM362948_LTT.CEL11.2630311.61652
>ratios(qcResult)
actin3/actin5actin3/actinMgapdh3/gapdh5gapdh3/gapdhM
GSM362947_LTT.CEL0.92209250.56782850.3131.2597466
GSM362948_LTT.CEL1.63886390.87164670.48161720.1281214
这些探针组的表达值是用JustMAS算法得到的。观察以上数值可以得出这样的结论：
actin3/actin5的值等于AFFX-HSAC07/X00351_3_at的表达值减去AFFX-HSAC07/X00351_5_at的表达值；actin3/actinM的值等于AFFX-HSAC07/X00351_3_at的表达值减去AFFX-HSAC07/X00351_M_at的表达值……
事实上，比值=log2(a)/log2(b)=log2(a-b)，但是这些探针组表达值已经取了2的对数，所以两数相减就是结果了
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