祁县境内河流属汾河水系，共有大小6条季节性河流
汾河流经祁县的一段为本县与文水县的自然分界线。从城赵镇北马堡村开始・到建安村为止，流长15.4公里。河床宽300-400米。由苗堡村上溯至汾河三坝，长28公里，落差14米。自建安村上溯至文水县西社渡口，长20.1公里，落差7米。多年平均径流量为17.8亿立方米。多年平均流量20.7立方米/秒。百年一遇洪水流量2180立方米/秒。实测最大洪峰达3320立方米/秒。枯水年发生过断流现象。本县受益面积9万余亩，年供水量为1500余万立方米。
昌源河祁县境内第一大河。《水经注》称胡甲水，又称候甲水(古时候、胡同音)，下游俗呼“沙河”。此外，尚有龙舟水、隆舟水、龙舟峪、龙州谷、隆舟谷、龙猪谷等名称，大抵据谐音演变而成。据旧志载、明代以前，昌源河水远比今日丰盈。其时，祁县南山一带，树木葱茏。昌源河西、南两流汇合北人祁县。在北关随着地势变化形成一大跌落，河床渐宽，河水清浅而缓慢。淙淙峥峥，流向盘陀。沿途有诸山泉来归，水流越来越大。人们依河开渠。引水灌溉。“祁以此丰富”。古人还在河边岸上种了许多竹子。其竹“云稍修纤，不绿而白，若太始雪”“昌源春水”与“龙舟夜月”成为“昭馀八景”中两处引人入胜的自然景观。明嘉靖以后，“民风渐侈，竞为居室，南山之木，采无虚岁”。更严的是，在无节制的采伐之后，不思补栽更新，反而“垦山为田”，“寻株尺蘖，必铲削无遗”。由此带来严重恶果，“天若暴雨，水无所碍，朝落于南山而夕即达于平壤矣。延涨冲决。流无定所。”“坏民田者不知其几千顷，淹庐舍者不知其几百区也。"祁之丰富减于前者什七矣”。
昌源河为跨县河流，属海河河系。主河道分东、西两支。东支发源于朱坑乡东西沟，流经阮家庄、张家庄、贾封、康家庄、石宝等村;西支发源于仁义沟西沟庄，流经魏家庄、二郎、下石庵等村，在石门村上游2.50公里处两支汇合后经石门流入祁县。境内全长31.50公里，流域面积184平方公里，位于一般山丘区，其中有101平方公里被森林覆盖。河床平均纵坡6.86‰。年平均径流量2100万立方米。
1968年，在上游来远镇北关村修筑小型水库1座。
1971年，又在中游古县镇子洪村修筑中型水库1座。次年秋，开始蓄水运用。子洪水库，位于祁县峪口镇左家滩附近, 地处昌源河中游。水库控制流域 面积 576 平方公里 。设计坝高44米 坝顶高程894米， 最高洪水位高程892米， 正常蓄水位888.2米， 总库容2309.6万立方米，死库容102 万立方米。水库设计标准为 100 年一遇，校核标准为500年一遇。
滹溪河古称通光水，又名胡溪河、伏西河、胡城水，属境内内流河。发源于峪口乡上庄村君寨沟，下流至东观镇一带，河床逐渐趋于消失，是一条季节性的无尾河。全长20.5公里流域面积52.8平方公里。1958年和1972年，分别在中、上游修筑鲁村、杜家庄两座小型水库。自此，鲁村以下一般年景枯涸无水。南团柏村以下・河滩已大多开垦种地或植树造林。旧志载，通光水出谷后，合太谷县胡城谷水，经东观等村北流，至县西北汇入昌源河，而后入汾河。
乌马河又名五马河，亦称回马谷水，俗称回马河・上游分东、西两源，以西源为正源。出祁县、太谷交界，下黑峰、通天沟一带。东源出榆社县黄花岭。合流后经回马口出山，纵贯太谷县境，于晓义至北堡间入祁县・又于牛家堡村北转入清徐县，再向南从贾令镇北左、左墩间折回祁县，经夏家堡、西阳羽间，西高堡、前家营间西流，至丰固村北汇入昌源河。全长93公里，流域面积500平方公里。祁县境内流长17.2公里，流域面积47.02平方公里。乌马河季节性极强，对祁县基本无灌溉之利。然而一到洪水季节，往往洪流直泄・毁堤决埝，造成严重水害。
阎灿河古称石佛河，境内内流河。源出古县镇柏泉头村南山坡，由南向北穿越古县镇境，下流至城关乡下申村一带散浸入田。1955年，昌源河灌区一干渠建成，与阎灿河形成十字交叉，于下阎灿村穿涵洞而过，下游在大韩村汇入西支干渠。全长11.5公里，流域面积25.25平方公里，上游杨庄村建有小型水库1座。
王贤河古称伏罴（pi）水，又名王斜河。源出古县镇伏坪村，北流入古县镇境，一干渠建成前经王贤村东入昌源河，现汇入一干渠。全长8公里，流域面积20平方公里，年平均迳流量为95万立方米。
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