在六气运行中，热气也是十分常见的，然而黄元御认为，热气是由少阴君火所化，并指出“在天为热，在地为火，在人为心”，黄氏这种天地人三才理论将少阴君火的六气与人体紧密结合起来了。黄氏认为，少阴以君火主令，一个是手少阴心，五行属火；一个是足少阴肾，属水，本来水火气机不同，但是在这里却被君火统一节制，主要原因在于火位在上却生于下。
黄氏认为，坎中之阳，就是火之根，而坎阳升腾才能向上交离位而化气为火，火升于水，所以癸水化气于丁火。水气变化可以演变成火气，于是寒从热化，所以少阴之气，水火并统，但却独以君火为名。
君火虽然下降于手少阴，但实际上是升于足少阴，阳气盛则手少阴心主令于上，而这个时候癸水就变成了温暖的泉水；阴气盛则足少阴肾司气于下，而丁火这个时候就变成了寒冷的灰尘。丁火虽然主司气化，但最终的制胜权限却在癸水，而火所依赖的则是火能生土以制约水气。虽然“兵来将挡水来土掩”，但是百病的发作，却大部分与土湿有关，湿气不能克水而反被水侮。但在临床中，土能克水的也不是没有，比如伤寒阳明经的承气汤证，其余的土则不仅不能克土，反而被水反侮的十常八九。虽然火能生土，但是如果土崩溃了，那么火也会完败，所以少阴一病，必先寒水泛滥而导致火土两败俱伤。
那么，少阴君火主令，如果出现上热的情况，这种可能是相火上逆导致的。正如黄元御所说，“火中有液，癸水之根，相火上逆，灾及宫城，心液消亡，是以热作”，所以凡是少阴出现热病，一般受累的大多是相火，并非君火。不过这里需要注意的是，如有上热，难免会有下寒，这是因为水火分离而不能坎离相交的缘故。所以在临床中，见到心家的热证，就要顾及到肾家的寒证。
从升降浮沉的角度来看，水火本来应该是相互交融的，如果水火相交，二者可以合二为一；如果水火不交，就会分崩离析，最终成为冰火两重天。如果要去探寻火为什么不能胜水，就能理解上热为什么没有下寒那么剧烈了。
手少阴心主血，但“血根于心而藏于肝”；足少阴肾纳气，但“气根于肾而藏于肺”，于是，气血之间，心肝肺肾四维脏腑就被牵扯进来了。如果心火上热，在治疗上就应该“清心家之血”，如果是肾水下寒，那么在治疗上，就可以“暖肾家之气”。由此，对于补气养血之法，黄元御在《四圣心源》里有一个明确的规则，那就是“补肝之血则宜温，补心之血则宜清，补肺之气则宜凉，补肾之气则宜暖”。
综合来说，少阴君火的发病原理，主要与心肾气血有关，但病理演化，却离不开“金木水火”四维，在证治规律上也是提出了“温清凉暖”四法。关于少阴君火的病因原理，看似只是心肾水火之间的关系，其实还暗藏着升降浮沉的奥秘，同时也蕴藏着人体脏腑气机变化的圆运动，若能从中细心体会，或许能够在其中找到一些可以参悟的东西，最终从中得到收获。
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