手术方式根据病变分期选择。皮肤恶性黑色素瘤最初的分期体系基于病变浸润的皮肤层次，但目前公认最重要的预后指标为病变厚度。关于粘膜恶性黑色素瘤则尚无明确的分期体系。
粘膜恶性黑色素瘤的切除范围尚存争论：Balch_2比较了病变外2cm和4cm的切除范围并比较其预后得出结论：2cm的切除范围已是安全范围，溃疡是影响预后及复发的最显著因素。是否行颈淋巴结清扫术仍有争论。
Tomicicl不主张行预防性颈清术，认为颈清术与否对于局部病变的控制和术后存活时间没有影响，只有I临床出现淋巴结阳性体征时才考虑行颈清术；淋巴结转移与否与术后生存时间相关，有转移者术后平均存活时间为18个月，无转移者为46个月。淋巴结转移率为52．9，有转移者术后平均存活时间为16个月，无转移者为42个月。
近年来，前哨淋巴结活检已成为评价恶性肿瘤病人区域淋巴结状况的微创技术，术中印记细胞学技术比冰冻切片更准确，病理快速诊断意味着淋巴结清扫可以与前哨淋巴结活检同期进行。对于病变厚度超过0．75mm的患者，I临床若无淋巴结受侵的证据，需行前哨淋巴结活检。对于前哨淋巴结活检阳性的患者应该行颈淋巴结清扫。前哨淋巴结状态是恶性黑色素瘤患者的一个重要的独立预后因素。
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