外伤：外伤性溃疡占所有口腔溃疡的最大比率。常见的成因是被牙齿咬伤，特别是排列不整齐的牙齿最容易发生这种现象。另外，制作不良的假牙或断裂牙齿的尖锐面，也常会刺伤附近的口腔黏膜。这类溃疡，只要去除引起外伤的原因，伤口一般在一个星期内会愈合。在治疗上，患者可涂止痛药膏或以药水涂抹患处，防止感染。
鹅口疮：就是一般人常说的火气大或睡眠不足引起的口腔破皮。临床常表现为反复性、多发性及同时几处溃疡，而且非常疼痛。鹅口疮的溃疡表面平坦，周围有一圈红晕，常与患者的免疫能力改变或过度劳累及承担精神压力有关，病毒感染是另一因素。鹅口疮一个星期左右会自行愈合，出现时涂抹一些类固醇成分的口内膏，对患处有疗效。
口腔癌：口腔癌除了以肿块形式出现外，也可能出现口腔溃疡，周围常出现硬化边缘，溃疡中心组织，会呈现疣状或菜花状的表面。口腔癌溃疡，不会自行愈合，而且范围会日益扩大。随意在它表面涂抹药物，有时反而会刺激它加速生长。
放射线或化学治疗：因癌症而接受放射性治疗?或者化疗期间，正常的口腔黏膜细胞也会因放射线或药物的伤害、白血球数目降低而产生全口广泛性的溃疡。严重时，会出现吞咽疼痛困难，甚至需要靠鼻胃管进食。这类口腔溃疡，医生一般会给予抗生素及止痛漱口药水。在放射性治疗或化疗结束后的二至四星期，溃疡会逐渐改善。
其他原因：主要有糜烂型口腔扁平苔藓、天疱疮等自体免疫性疾病或病毒、真菌感染，以及药物毒性反应引起的Steven—Johnson症候群等，不过较为少见。
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