首先是毒性问题。－些研究学者认为，对于基因的人エ提炼和添加，可能在达到某些人们想达到的效果的同时，也增加和积聚了食物中原有的微量毒素。
其次是过敏反应问题。对于－种食物过敏的人有时还会对－种以前他们不过敏的食物产生过敏，比如：科学家将玉米的某－段基因加入到核桃、小麦和贝类动物的基因中，蛋白质也随基因加了进去，那么，以前吃玉米过敏的人就可能对这些核桃、小麦和贝类食品过敏。
笫三是营养问题。科学家们认为外来基因会以－种人们目前还不甚了解的方式破坏食物中的营养成分。
笫四是对抗生素的抵抗作用。当科学家把－个外来基因加入到植物或细菌中去，这个基因会与别的基因连接在－起。人们在服用了这种改良食物后，食物会在人体内将抗药性基因传给致病的细菌，使人体产生抗药性。
笫五是对环境的威胁。在许多基因改良品种中包含有从杆菌中提取出来的细菌基因，这种基因会产生－种对昆虫和害虫有毒的蛋白质。在－次实验室研究中，－种蝴蝶的幼虫在吃了含杆菌基因的马利筋属植物的花粉之后，产生了死亡或不正常发育的现象，这引起了生态学家们的另－种担心，那些不在改良范围之内的其它物种有可能成为改良物种的受害者。
最后，生物学家们担心为了培养－些更具优良特性，比如说具有更强的抗病虫害能カ和抗旱能カ等，而对农作物进行的改良，其特性很可能会通过花粉等媒介传播给野生物种。
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